C. difficile est une bactérie anaérobie, sporulée et toxinogène, qui est responsable de 20-25 % des diarrhées associées à l’antibiothérapie, de 10 % des diarrhées associées aux soins, et de pratiquement tous les cas de colites pseudomembraneuses. 


  La prise d'antibiotiques perturbant le microbiote intestinal est considérée comme un des principaux facteurs de risque d’infection à Clostridium difficile (ICD). La dysbiose associée à la perte de l'effet barrière (ou résistance à la colonisation) du microbiote intestinal va favoriser la colonisation par C. difficile. Les spores vont germer et donner les formes végétatives qui en trouvant une niche écologique favorable vont se multiplier, coloniser le côlon puis secréter les toxines responsables des signes cliniques. 


  Un des problèmes majeurs des ICD est la survenue de récidives,  définies par la réapparition d’une infection dans les 8 semaines qui suivent le début de l’épisode initial. Les récidives surviennent chez environ 25 % des patients après un premier épisode et le risque de récidive augmente ensuite (40 %) à partir du deuxième épisode. On parle de récidives multiples à partir de la 2ème  récidive soit le 3ème  épisode d’ICD. Les facteurs de risque de récidive comprennent un âge > 65 ans, l’administration concomitante d’antibiotiques, la sévérité de la maladie sous-jacente et la durée prolongée d’hospitalisation.


  Les récidives peuvent être liées soit à la persistance sous forme de spores de la souche initiale (rechutes) soit à l’acquisition d’une nouvelle souche de C. difficile (ré-infection). Les récidives seraient aussi favorisées par une faible réponse immune de l'hôte sérique et/ou muqueuse contre les toxines et aussi les facteurs de colonisation de C. difficile. Une autre cause de ces récidives serait liée à l'absence de retour à l'équilibre du microbiote intestinal. Les patients atteints de récidives ont une dysbiose intestinale caractérisées par une perte d’une diversité microbienne, avec notamment un déséquilibre dans le rapport des bactéries appartenant aux phyla Firmicutes et Bacteroidetes. Les récidives pourraient être dues à une impossibilité du microbiote à restaurer la résistance à la colonisation et/ou à des conditions métaboliques favorables à la persistance de C. difficile. La reconstitution du microbiote et de son effet barrière apparait un moyen efficace pour combattre les infections récidivantes à C. difficile, d'où l'approche globale de la transplantation fécale.


  Outre l’impact sur la qualité de vie des patients, les récidives représentent un coût important. En effet, environ 10 % des récidives d’ICD nécessitent une ré-hospitalisation en court séjour. Une étude française récente a estimé que le surcoût annuel des récidives est de 28,5 millions € soit 12,5 % du surcoût total lié aux ICD.