L' Académie travaille aux progrès des sciences et des techniques sur des sujets touchant aux divers domaines de la pharmacie (lien). 

Elle a pour objet:
- d’étudier tous les sujets relatifs aux domaines scientifiques, techniques, juridiques, historiques et éthiques où peuvent s’exercer les compétences du pharmacien, en particulier ceux qui concernent le médicament et autres produits de santé,
- de travailler au progrès des sciences, à la diffusion des travaux de recherche scientifique, et au perfectionnement des techniques se rapportant à la pharmacie,
- de conseiller les Pouvoirs publics et d’éclairer l’opinion sur les sujets précités, en exerçant une veille sur leur évolution.

Le transfert de microbiote fécal dans les colites récidivantes dues à Clostridium difficile a fait l'objet d'une réflexion de l'Académie au travers d'un groupe de travail qui a publié sur ce thème et émis des recommandations car c'est une thérapeutique engageant la compétence et la responsabilité du pharmacien hospitalier qui a en charge la préparation, le contrôle et la délivrance du microbiote fécal.